Huyện được thành lập vào ngày 24 tháng 2 năm 1979 trên cơ sở hợp nhất huyện Văn Mỹ và 14 xã thuộc huyện Văn Yên (gồm phần lớn huyện Yên Mỹ cũ)[1]. Trước đó, huyện Văn Mỹ được thành lập vào ngày 11 tháng 3 năm 1977 trên cơ sở hợp nhất 2 huyện Văn Lâm và Mỹ Hào[2], gồm 24 xã: Bạch Sam, Chỉ Đạo, Cẩm Xá, Dương Quang, Dị Sử, Đại Đồng, Đình Dù, Hòa Phong, Hưng Long, Lạc Đạo, Lạc Hồng, Lương Tài, Minh Đức, Minh Hải, Ngọc Lâm, Nhân Hòa, Như Quỳnh, Phan Đình Phùng, Phùng Chí Kiên, Trưng Trắc, Tân Quang, Văn Phú, Việt Hưng, Xuân Dục.

Sau khi hợp nhất, đơn vị hành chính của huyện Mỹ Văn gồm 38 xã: Bạch Sam, Chỉ Đạo, Cẩm Xá, Dương Quang, Dị Sử, Đại Đồng, Đình Dù, Đồng Than, Giai Phạm, Hòa Phong, Hưng Long, Lạc Đạo, Lạc Hồng, Liêu Xá, Lương Tài, Lý Thường Kiệt, Minh Đức, Minh Hải, Nghĩa Hiệp, Nghĩa Trụ, Ngọc Lâm, Ngọc Long, Nhân Hòa, Như Quỳnh, Phan Đình Phùng, Phùng Chí Kiên, Thanh Long, Trai Trang, Trung Hòa, Trung Hưng, Trưng Trắc, Tân Lập, Tân Quang, Tân Việt, Văn Phú, Việt Hưng, Vĩnh Khúc, Xuân Dục.

Ngày 26 tháng 8 năm 1989, giải thể xã Văn Phú để thành lập thị trấn Bần Yên Nhân.[3]

Ngày 28 tháng 6 năm 1994, giải thể xã Trai Trang để thành lập thị trấn Yên Mỹ.[4]

Ngày 6 tháng 11 năm 1996, huyện Mỹ Văn thuộc tỉnh Hưng Yên vừa tái lập.[5]

Ngày 24 tháng 2 năm 1997, chuyển xã Như Quỳnh thành thị trấn Như Quỳnh[6].

Từ đó đến đầu năm 1999, huyện Mỹ Văn có 38 đơn vị hành chính trực thuộc, gồm 3 thị trấn: Bần Yên Nhân, Như Quỳnh, Yên Mỹ và 35 xã: Bạch Sam, Chỉ Đạo, Cẩm Xá, Dương Quang, Dị Sử, Đại Đồng, Đình Dù, Đồng Than, Giai Phạm, Hòa Phong, Hưng Long, Liêu Xá, Lý Thường Kiệt, Lương Tài, Lạc Đạo, Lạc Hồng, Minh Đức, Minh Hải, Nghĩa Hiệp, Nghĩa Trụ, Ngọc Lâm, Ngọc Long, Nhân Hòa, Phan Đình Phùng, Phùng Chí Kiên, Thanh Long, Trung Hòa, Trung Hưng, Trưng Trắc, Tân Lập, Tân Quang, Tân Việt, Việt Hưng, Vĩnh Khúc, Xuân Dục.

Ngày 24 tháng 7 năm 1999, chuyển 2 xã Nghĩa Trụ và Vĩnh Khúc về huyện Văn Giang vừa tái lập. Đồng thời, chia lại huyện Mỹ Văn thành 3 huyện: Mỹ Hào, Văn Lâm và Yên Mỹ[7].

• Huyện Mỹ Hào có thị trấn Bần Yên Nhân và 12 xã: Bạch Sam, Cẩm Xá, Dị Sử, Dương Quang, Hòa Phong, Hưng Long, Minh Đức, Ngọc Lâm, Nhân Hòa, Phan Đình Phùng, Phùng Chí Kiên, Xuân Dục.
• Huyện Văn Lâm có thị trấn Như Quỳnh và 10 xã: Chỉ Đạo, Đại Đồng, Đình Dù, Lạc Đạo, Lạc Hồng, Lương Tài, Minh Hải, Tân Quang, Trưng Trắc, Việt Hưng.
• Huyện Yên Mỹ có thị trấn Yên Mỹ và 16 xã: Đồng Than, Giai Phạm, Hoàn Long, Liêu Xá, Lý Thường Kiệt, Minh Châu, Nghĩa Hiệp, Ngọc Long, Tân Lập, Tân Việt, Thanh Long, Trung Hòa, Trung Hưng, Việt Cường, Yên Hòa, Yên Phú. Trong đó, 5 xã: Hoàn Long, Minh Châu, Việt Cường, Yên Hòa, Yên Phú được chuyển từ huyện Châu Giang về huyện Yên Mỹ.